1. Runde				Heim	Gast
	1	Mi 07.09.1988		VfB Stuttgart	Banjasz Tatabanja		2 : 0
	1	Di 11.10.1988		Banjasz Tatabanja	VfB Stuttgart		2 : 1

	2	Di 06.09.1988		Royal Antwerpen FC	1. FC Köln		2 : 4
	2	Mi 12.10.1988		1. FC Köln	Royal Antwerpen FC		2 : 1

	3	Mi 07.09.1988		FC Bayern München	Legia Warschau		3 : 1
	3	Mi 05.10.1988		Legia Warschau	FC Bayern München		3 : 7

	4	Mi 07.09.1988		Bayer 04 Leverkusen	Belenenses Lissabon		0 : 1
	4	Mi 12.10.1988		Belenenses Lissabon	Bayer 04 Leverkusen		1 : 0

	5	Mi 07.09.1988		AS Rom	1. FC Nürnberg		1 : 2
	5	Mi 12.10.1988		1. FC Nürnberg	AS Rom		1 : 2	1:3 n.V.

	6	Mi 07.09.1988		FC Groningen	Atletico Madrid		1 : 0
	6	Mi 05.10.1988		Atletico Madrid	FC Groningen		2 : 1

	7	Mi 07.09.1988		FC Aarau	1. FC Lok Leipzig		0 : 3
	7	Mi 05.10.1988		1. FC Lok Leipzig	FC Aarau		4 : 0

	8	Mi 07.09.1988		St. Patrick's Athletic	Heart of Midlothian		0 : 2
	8	Mi 05.10.1988		Heart of Midlothian	St. Patrick's Athletic		2 : 0

	9	Mi 07.09.1988		Zalgiris Vilnius	Austria Wien		2 : 0
	9	Fr 07.10.1988		Austria Wien	Zalgiris Vilnius		5 : 2

	10	Mi 07.09.1988		Sporting CP Lissabon	Ajax Amsterdam		4 : 2
	10	Mi 05.10.1988		Ajax Amsterdam	Sporting CP Lissabon		1 : 2

	11	Mi 07.09.1988		Real Sociedad San Sebastian	Dukla Prag		2 : 1
	11	Mi 05.10.1988		Dukla Prag	Real Sociedad San Sebastian		3 : 2

	12	Di 06.09.1988		RFC Union Luxemburg	RFC Liége		1 : 7
	12	Mi 05.10.1988		RFC Liége	RFC Union Luxemburg		4 : 0

	13	Mi 07.09.1988		FC Inter Mailand	IK Brage		2 : 1
	13	Mi 05.10.1988		IK Brage	FC Inter Mailand		1 : 2

	14	Do 08.09.1988		IA Akranes	Újpest FC		0 : 0
	14	Mi 05.10.1988		Újpest FC	IA Akranes		2 : 1

	15	Mi 07.09.1988		Glasgow Rangers FC	GKS Katowice		1 : 0
	15	Mi 05.10.1988		GKS Katowice	Glasgow Rangers FC		2 : 4

	16	Mi 07.09.1988		Aberdeen FC	SG Dynamo Dresden		0 : 0
	16	Mi 05.10.1988		SG Dynamo Dresden	Aberdeen FC		2 : 0

	17	Mi 07.09.1988		Dnjepr Dnjepropetrovsk	Girondins Bordeaux		1 : 1
	17	Mi 05.10.1988		Girondins Bordeaux	Dnjepr Dnjepropetrovsk		2 : 1

	18	Mi 07.09.1988		Östers IF	DAC Dunajska Streda		2 : 0
	18	Mi 05.10.1988		DAC Dunajska Streda	Östers IF		6 : 0

	19	Mi 07.09.1988		Turku PS	Linfield FC		0 : 0
	19	Mi 05.10.1988		Linfield FC	Turku PS		1 : 1

	20	Mi 07.09.1988		Molde FK	SV Zulte-Waregem		0 : 0
	20	Mi 05.10.1988		SV Zulte-Waregem	Molde FK		5 : 1

	21	Mi 07.09.1988		Malmö FF	Torpedo Moskau		2 : 0
	21	Mi 05.10.1988		Torpedo Moskau	Malmö FF		2 : 0	2:1 n.V.

	22	Di 06.09.1988		First Vienna	Ikast FS		1 : 0
	22	Mi 05.10.1988		Ikast FS	First Vienna		2 : 1

	23	Mi 07.09.1988		Otelul Galati	Juventus Turin		1 : 0
	23	Mi 12.10.1988		Juventus Turin	Otelul Galati		5 : 0

	24	Mi 07.09.1988		Velez Mostar	Apoel FC Nicosia		1 : 0
	24	Mi 05.10.1988		Apoel FC Nicosia	Velez Mostar		2 : 5

	25	Mi 07.09.1988		AEK Athen FC	Athletico Bilbao		1 : 0
	25	Mi 05.10.1988		Athletico Bilbao	AEK Athen FC		2 : 0

	26	Mi 07.09.1988		HSC Montpellier	SL Benfica Lissabon		0 : 3
	26	Mi 05.10.1988		SL Benfica Lissabon	HSC Montpellier		3 : 1

	27	So 04.09.1988		Sliema Wanderers	Victoria Bukarest		0 : 2
	27	Do 06.10.1988		Victoria Bukarest	Sliema Wanderers		6 : 1

	28	Mi 07.09.1988		SSC Neapel	PAOK Thessaloniki		1 : 0
	28	Do 06.10.1988		PAOK Thessaloniki	SSC Neapel		1 : 1

	29	Mi 07.09.1988		FK Partizan Belgrad	Slavia Sofia		5 : 0
	29	Mi 12.10.1988		Slavia Sofia	FK Partizan Belgrad		0 : 5

	30	Mi 07.09.1988		Servette Genf	Sturm Graz		1 : 0
	30	Mi 05.10.1988		Sturm Graz	Servette Genf		0 : 0

	31	Mi 07.09.1988		Botev Plovdiv	Dinamo Minsk		1 : 2
	31	Mi 05.10.1988		Dinamo Minsk	Botev Plovdiv		0 : 0

	32	Mi 07.09.1988		Besiktas JK Istanbul	Dinamo Zagreb		1 : 0
	32	Mi 05.10.1988		Dinamo Zagreb	Besiktas JK Istanbul		2 : 0